QTL 与环境互作分析

数量性状的表现是基因型和环境共同作用的结果，基因型在不同环境中可能有不同的表现，即基因型与环境互作（Genotype by Environment），而基因型多指品种或家西，其性状的表现是QTL与环境的累积效果，和基因型一样，QTL也与环境存在互作（QTL by Environment），即QTL在各个环境中有不同的表型效应。

目前， QTL的分析软件众多，对于多地点的QTL分析，常见的做法是先定位单环境QTL，然后再计算QTL与环境互作。但是，这种方法有很多缺陷，特别是有缺失值存在的情况下。

Genstat软件具有QTL定位及QTL与环境互作分析的功能，很多学者采用Genstat做QTL by Enviroment的分析，并在知名期刊杂志上发表了文章。

点击阅读案例分析：不同干旱条件下影响芜菁开花前生理生态性状相关的QTL与环境互作

Genstat软件进行QTL 与环境互作分析的优点：

单性状多环境QTL定位，GenStat的模型可以处理缺失值
可以对多性状单环境的QTL进行定位和关联分析，可以检测不同性状的QTL互作
在选择QTL与环境互作时，会对模型进行运行评分，选择最优的模型，这些备选的模型有：Idenity、FA order1、FA order2、compound symmetry等

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