ASRgenomics 是一款由VSNi 公司开发的免费R包,它提供的一系列分子和遗传评估程序可以直接有效地提升基因组分析的性能,可以用于基因组选择(GS)或全基因组关联(GWAS)。

二代测序技术使得全基因组基因分型更加经济有效,而基因组选择(GS)和全基因组关联(GWAS)等方法也在加速和提高植物和动物育种项目的筛选效率。然而,利用基因组数据进行统计分析并不是一件简单的工作。它的成功依赖于对表型、谱系和分子数据集的检查、验证和构建。
ASRgenomics 支持管理数据庞大、复杂和非结构化的分子数据集。它可以与已经得到验证且值得信赖的 ASReml-R 软件结合使用完成线性混合模型,同时也可以与其他 R 包工具结合使用。

让我们来看看 ASRgenomics 可以完成的分析类型有哪些:

  • 构建分子矩阵:ASRgenomics 读取 SNP 数据并执行质量控制和过滤。
  • 验证群体结构:使用聚类和 PCA 分析来查看数据结构。
  • 生成亲缘关系矩阵:生成加性关系矩阵和显性关系矩阵。
  • 验证亲缘关系矩阵:通过识别重复和具有高水平近亲繁殖的个体进行数据验证和检查。
  • 调整亲属关系矩阵:使用矫正、混合和对齐来校准和稳定亲属关系矩阵。

此外,ASRgenomics有效地结合了表型、谱系和基因组数据。

  • 匹配 G 矩阵与表型数据:检测出基因组和表型数据之间的不一致数据,以确保数据集之间的一致。
  • 匹配 G 矩阵与 A 矩阵:根据谱系关系矩阵 A 评估给定的基因组关系矩阵 G,以确定匹配和不匹配的个体。

ASRgenomics有助于生成 H 矩阵或其逆矩阵,让您轻松执行 GBLUP (ssGBLUP) 分析并探索您数据的全部潜力的数据。

 

下载 ASRgenomics 并利用这个免费工具来协助您的基因组分析吧。

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