AMMI模型评价品种稳定性

双标图介绍

双标图目前主要有AMMI（主效可加互作可乘）和GGE双标图，主要用来评价一年多点或多点多点品种的稳定性和适应性。

AMMI模型的绘制方法

数据准备

数据格式按列排，这里以一年多点的数据为例：
现有18个品种(G1 ~ G9)，9个地点（e1 ~ e9），观测值为每个品种在每个地点的BLUP值（或者平均值）。

模型选择

这里选择GenStat的AMMI模型进行分析，注意，单点数据中没有重复数据。如果有重复数据，可以放在Replications一栏

结果展示

方差分析结果

结果显示品种和环境均达到极显著水平，交互作用剖分的PCA1和 PCA2也都达到极显著水平。

打印品种和环境剖分的主成分值

AMMI模型双标图

这里，由于AMMI模型剖分的是GbyE，因此双标图中仅仅显示基因与环境互作的结果。

结果中蓝色的表示不同地点，绿色的表示不同品种
x坐标表示第一主成分，y坐标表示第二主成分
通过地点和原点有一条直线，直线越长，说明地点中存在越强的互作效应
同样的道理，品种与原点越远，也说明品种存在较强的互作效应
另外环境间夹角越小，说明环境越相似

从结果可以看出：

环境2,3,4,6互作效应较小，7,5,1,8互作效应较大
环境6和9比较相似
品种13,17,12有较强的互作效应
品种4,15,16比较稳定

AMMI双标图的缺点

只能给出品种稳定性，不能给出品种丰产性
不能进行环境的区域性划分

解决方法

用GGE Biplot模型进行分析
只考虑品种均值和PCA1进行双标图的绘制

AMMI模型中means VS PCA1双标图绘制

模型：

结果：

结果解析

x坐标是品种的产量，越靠右，说明产量越高，此图可以看出地点5和6平均产量较高。品种8产量较高
y坐标是评价品种与环境互作的，越靠近水平=0的虚线，越稳定，越偏离虚线，互作越高。

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